成立初期，公積金中心在參考國內(nèi)其他兄弟城市住房公積金業(yè)務管理模式的基礎上，強化公積金中心在住房公積金業(yè)務辦理中的主導作用，充分利用歸集銀行等金融網(wǎng)點資源，確立了“中心主導、銀行代辦”的業(yè)務辦理模式，即：中心自主研發(fā)系統(tǒng)，委托銀行在中心系統(tǒng)上辦理業(yè)務。銀行不掌握明細賬，一般業(yè)務均由銀行委托代辦，涉及風險較大或相對復雜的業(yè)務由中心管理部辦理。

這種模式，既可以有效規(guī)避“大委托”模式下數(shù)據(jù)不能及時傳遞、賬戶管理和資金調(diào)度受制于銀行、資金在途時間長、利息損失大的缺點，又可以充分利用中心自主的信息系統(tǒng)，減小“小委托”模式下機構龐大、編制人數(shù)多的弊端，利用銀行的業(yè)務網(wǎng)點擴大住房公積金繳存覆蓋面，達到效益最大化。正是通過這種創(chuàng)新的業(yè)務管理模式，深圳公積金中心迅速將住房公積金服務網(wǎng)點由公積金中心3個管理部延伸至遍布全市的幾百個銀行網(wǎng)點，推動繳存、提取、貸款三大業(yè)務實現(xiàn)跨越式發(fā)展，業(yè)務指標短時間內(nèi)躍居全國前列。

截至目前，深圳公積金中心合作的委托銀行包括7家歸集銀行和10家貸款銀行。7家歸集銀行共有360多家網(wǎng)點、700余名柜員在辦理住房公積金繳存、提取業(yè)務；10家貸款銀行共約480多家網(wǎng)點，從事貸款業(yè)務各崗位的操作柜員3400多名。